İlk yapımı MÖ 8.yy. sonlarına tarihlenen yapı, MÖ 560 yılında zeus’un oğlu apollon adına, Branhid kahinleri için büyük bir tapınak haline getirilmiştir. Arkaik Dönem’de çok ünlü olan Apollon’un kutsal yeri Persler tarafından MÖ 494’te yıkılmıştır

İskender’in MÖ 334’de Persleri yenmesiyle bağımsızlığını kazanan kentin tapınağı tekrar yapılmaya başlanmış, yapımı MÖ 3. ve 2. yy. boyunca sürmüş, bir bölümü ancak roma döneminde tamamlanabilmiştir. MS 250’den önce tapınak önemini yitirmeye başlamış ve MS 385’de Theodosios’un döneminde tamamen önemini yitirmiştir. hristiyanlığın yaygınlaşmasıyla mabedin adytonuna bir kilise yapılmıştır.

Tarihçi Heredot MÖ 600’lerde Mısır Kralı 2.Nekho ve Lidya Kralı Kroisos’un Didyma’daki Apollon tapınağına adaklar sunduklarını nakleder. panormos limanından denize açılacak tüccar ve askerler, evlenecek genç kızlar, savaşları konusunda imparatorlar kehanet isterler ve burada tanrılara kurban sunarlardı. Strabon’a göre, tapınak en pahalı adak eşyalarıyla süslenmekteydi. buradaki tapkı heykelini ünlü sanatçı Karnakhos, Medusa ve boğa başlı kabartmalı baştabanlarla öteki heykelleri Aphrodisiaslı yetenekli ustalar yapmışlardır. Kutsal avluya inilen kapıların arasında yer alan 70 ton ağırlığındaki tek parça mermer blok, dünyanın en büyük mimari elemanı olarak tanınmaktadır. Dört yanından basamaklarla çıkılan platform üzerine çift sıra oturtulan 124 adet sütunla çevrili bu anıt eser, kentin görkemine tanıklık edercesine hala ayaktadır.